Lỗ nhiều năm dù doanh thu tăng - vì sao doanh nghiệp lọt vào danh sách kiểm tra thuế

Doanh thu tăng đều qua từng năm, nhà máy chạy gần hết công suất, nhưng tờ khai quyết toán thuế TNDN năm nào cũng báo lỗ. Với ban giám đốc, đó có thể là chuyện bình thường của giai đoạn mở rộng. Với cơ quan thuế, đó là một câu hỏi cần trả lời. Từ 01/7/2026, Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 đặt quản lý rủi ro và phân tích dữ liệu điện tử làm nguyên tắc trung tâm của hoạt động kiểm tra. Doanh nghiệp lỗ kéo dài mà không giải thích được rất dễ trở thành đối tượng được lựa chọn.

Cơ quan thuế chọn doanh nghiệp để kiểm tra như thế nào?

Điều 33 Luật 108/2025/QH15 yêu cầu cơ quan thuế áp dụng quản lý rủi ro trong toàn bộ các khâu, từ đăng ký, khai thuế, hoàn thuế đến kiểm tra và quản lý hóa đơn; tiêu chí đánh giá, phân loại mức độ rủi ro do Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định. Điều 22 quy định cụ thể:

• Kiểm tra thuế áp dụng quản lý rủi ro, ưu tiên kiểm tra trực tuyến, từ xa trên dữ liệu điện tử (điểm a khoản 1).
• Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế được thực hiện với các trường hợp có dấu hiệu vi phạm, được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề, hồ sơ hoàn thuế, cũng như khi giải trình tại cơ quan thuế không thỏa đáng (điểm a khoản 3).
• Với trường hợp theo kế hoạch, chuyên đề, cơ quan thuế kiểm tra tại trụ sở không quá 01 lần trong 01 năm (điểm c khoản 3).
• Thời hạn kiểm tra không quá 20 ngày, gia hạn một lần không quá 20 ngày; với doanh nghiệp có giao dịch liên kết là 40 ngày, gia hạn không quá 40 ngày (điểm d khoản 3).

Nói cách khác, dữ liệu của doanh nghiệp đã được phân tích trước khi đoàn kiểm tra có mặt. Một chuỗi số liệu bất thường trên tờ khai và báo cáo tài chính là đủ để hồ sơ được đưa vào diện xem xét.

Vì sao lỗ trong khi doanh thu tăng là tín hiệu đỏ?

Lỗ tự thân không vi phạm pháp luật. Vấn đề là các nguyên nhân phổ biến khiến doanh nghiệp lỗ lại trùng với những điểm cơ quan thuế quan tâm nhất:

Với doanh nghiệp FDI, lỗ kéo dài còn có hệ quả riêng: nhà đầu tư nước ngoài không được chuyển lợi nhuận ra nước ngoài khi dự án còn lỗ lũy kế (điểm c khoản 6 Điều 27 Nghị định 252/2026/NĐ-CP). Lỗ vì vậy không chỉ là câu chuyện thuế mà còn ảnh hưởng trực tiếp đến kế hoạch dòng tiền của tập đoàn.

Ví dụ minh họa: Một công ty con sản xuất linh kiện có doanh thu tăng từ 120 tỷ lên 200 tỷ đồng trong ba năm, toàn bộ bán cho công ty mẹ, trong khi tỷ suất lợi nhuận gộp chỉ quanh 3-4%. Cùng thời gian, công ty trả phí hỗ trợ kỹ thuật cho công ty mẹ và vay vốn từ một công ty cùng tập đoàn. Dù từng giao dịch đều có hợp đồng, bức tranh tổng thể cho thấy lợi nhuận có thể đang được chuyển ra ngoài. Đây đúng là dạng hồ sơ hệ thống quản lý rủi ro sẽ đánh dấu.

Lỗ không sai, lỗ không giải thích được mới là vấn đề

Có nhiều lý do kinh tế chính đáng cho việc lỗ: giai đoạn đầu tư với khấu hao lớn, chưa đạt quy mô sản xuất, mở rộng thị trường, biến động tỷ giá hoặc giá nguyên vật liệu. Điều quan trọng là doanh nghiệp chứng minh được lý do đó bằng số liệu và tài liệu được lập tại thời điểm phát sinh, chứ không phải dựng lại khi đoàn kiểm tra đã đến.

Chuẩn bị gì trước khi có quyết định kiểm tra?

1. Phân tích lợi nhuận theo từng mảng, từng khách hàng để chỉ ra chính xác lỗ đến từ đâu và vì sao.
2. Rà soát hồ sơ giá giao dịch liên kết theo Nghị định 255/2026/NĐ-CP, áp dụng từ kỳ tính thuế 2026. Ngưỡng doanh thu để được miễn lập hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết đã nâng lên dưới 500 tỷ đồng, nhưng vẫn phải đáp ứng điều kiện về tỷ suất lợi nhuận và nghĩa vụ kê khai.
3. Rà soát chi phí không được trừ theo Điều 10 Nghị định 320/2025/NĐ-CP, đặc biệt là lãi vay, phí dịch vụ nội bộ, chi phí không có chứng từ thanh toán phù hợp.
4. Kiểm tra hóa đơn đầu vào từ các nhà cung cấp có dấu hiệu rủi ro.
5. Tự điều chỉnh nếu phát hiện sai sót: khai bổ sung trong 05 năm trước khi có quyết định kiểm tra (khoản 5 Điều 12 Luật 108/2025/QH15); với lỗi khai sai thuộc khoản 2 Điều 45, việc tự khai bổ sung và nộp đủ thuế trước thời điểm đó giúp không bị xử phạt (điểm a khoản 2 Điều 44).
6. Cân nhắc thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá (APA) với các giao dịch liên kết lớn và lặp lại; Điều 31 Luật 108/2025/QH15 đặt nguyên tắc cho cơ chế này.

Kaizen có thể giúp gì?

Kaizen giúp doanh nghiệp nhìn hồ sơ của mình bằng con mắt của cơ quan thuế: phân tích các chỉ số rủi ro, rà soát giao dịch liên kết và chi phí, rồi chuẩn bị bộ giải trình trước khi được hỏi. Đội ngũ với hơn 17 năm kinh nghiệm Big4 của chúng tôi đã làm việc nhiều với doanh nghiệp FDI Nhật Bản, Hàn Quốc, Singapore. Hãy bắt đầu bằng buổi kiểm tra sức khỏe thuế miễn phí để biết doanh nghiệp đang đứng ở đâu trên bản đồ rủi ro.