Lỡ nhận hóa đơn từ doanh nghiệp bỏ trốn: 5 bước xử lý an toàn

Cơ quan thuế đề nghị giải trình một loạt hóa đơn đầu vào vì nhà cung cấp đã bị xác định không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký - tức doanh nghiệp bỏ trốn. Hàng đã nhận, tiền đã chuyển khoản. Thuế GTGT đã khấu trừ và chi phí đã ghi nhận có giữ được không, và doanh nghiệp có bị quy là trốn thuế không? Từ 01/7/2026, câu trả lời dựa trên Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và Nghị định 254/2026/NĐ-CP về hóa đơn, chứng từ điện tử (thay thế Nghị định 123/2020/NĐ-CP).

Rủi ro thực sự nằm ở đâu?

Khi người bán bị chuyển trạng thái, cơ quan thuế thường rà soát các hóa đơn họ đã lập và yêu cầu bên mua giải trình. Nếu hóa đơn bị xác định không hợp pháp, bên mua có thể đối mặt với ba hệ quả cùng lúc:

• Không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, vì điều kiện khấu trừ đòi hỏi hóa đơn hợp pháp theo Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 và Nghị định 181/2025/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 144/2026/NĐ-CP).
• Bị loại chi phí khi tính thuế TNDN, vì khoản chi phải có đủ hóa đơn, chứng từ theo điểm b khoản 1 Điều 9 Nghị định 320/2025/NĐ-CP.
• Tiền chậm nộp 0,03%/ngày trên số thuế phải nộp tăng thêm (điểm a khoản 2 Điều 16 Luật 108/2025/QH15), cộng với tiền phạt nếu có.

Tuy nhiên, mức độ nghiêm trọng khác nhau rất lớn tùy vào việc giao dịch có thật hay không. Luật 108/2025/QH15 tách bạch hai tình huống:

Nói cách khác, mọi nỗ lực của doanh nghiệp phải tập trung vào một việc: chứng minh giao dịch là có thật và doanh nghiệp đã hành xử như một bên mua thiện chí, cẩn trọng.

5 bước xử lý an toàn

Bước 1: Khoanh vùng phạm vi ảnh hưởng

Tra cứu tình trạng mã số thuế của người bán trên cổng thông tin của cơ quan thuế. Theo Phụ lục 1 Thông tư 90/2026/TT-BTC, trạng thái 06 là người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký. Ghi nhận thời điểm chuyển trạng thái, sau đó lập danh sách toàn bộ hóa đơn từ người bán này theo từng kỳ, kèm số thuế GTGT đã khấu trừ, chi phí và giá vốn liên quan. Đặc biệt chú ý các hóa đơn có ngày lập gần hoặc sau thời điểm người bán bị xác định không hoạt động.

Bước 2: Dựng hồ sơ chứng minh giao dịch có thật

Khoản 7 Điều 3 Nghị định 254/2026/NĐ-CP coi việc sử dụng hóa đơn khống, tức hóa đơn ghi nội dung nghiệp vụ nhưng việc mua bán không có thật một phần hoặc toàn bộ, là sử dụng không hợp pháp hóa đơn. Vì vậy, hồ sơ cần cho thấy dòng hàng, dòng tiền và dòng chứng từ khớp nhau:

• Hợp đồng, đơn đặt hàng, báo giá, email trao đổi với người bán.
• Biên bản giao nhận, phiếu nhập kho, chứng từ vận chuyển, biên bản nghiệm thu dịch vụ.
• Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt vào tài khoản đứng tên người bán.
• Bằng chứng sử dụng: hàng tồn kho, phiếu xuất kho cho sản xuất, hóa đơn bán ra tương ứng.

Bước 3: Giải trình đúng hạn, nhất quán

Theo điểm b khoản 2 Điều 22 Luật 108/2025/QH15, cơ quan thuế có quyền yêu cầu giải trình, bổ sung tài liệu; nếu không thỏa đáng, có thể ấn định thuế, xử phạt hoặc chuyển sang kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế. Văn bản giải trình nên trình bày theo dòng thời gian, đánh số tài liệu đính kèm và khớp số liệu với sổ kế toán.

Bước 4: Chủ động khai bổ sung nếu không đủ chứng cứ

Nếu hồ sơ không đủ thuyết phục, tự điều chỉnh thường ít tốn kém nhất. Khoản 5 Điều 12 Luật 108/2025/QH15 cho phép khai bổ sung trong 05 năm kể từ ngày hết hạn nộp hồ sơ của kỳ có sai sót, nếu thực hiện trước khi có quyết định thanh tra, kiểm tra. Doanh nghiệp giảm thuế GTGT đầu vào, loại chi phí tương ứng, nộp đủ thuế và tiền chậm nộp. Khi giao dịch có thật và lỗi không thuộc về bên mua, tự khai bổ sung trước thời điểm kiểm tra giúp không bị phạt (điểm a khoản 2 Điều 44).

Bước 5: Xử lý quan hệ với người bán và rà soát chuỗi cung ứng

Ghi nhận thiệt hại và quyền yêu cầu bồi thường theo hợp đồng. Đồng thời rà soát các nhà cung cấp có dấu hiệu tương tự: mới thành lập, trụ sở không rõ ràng, giá thấp bất thường, đề nghị thanh toán vào tài khoản cá nhân. Một hóa đơn rủi ro hiếm khi đứng một mình.

Phòng ngừa: bộ lọc nhà cung cấp tối thiểu

Cách rẻ nhất là không nhận những hóa đơn này ngay từ đầu. Quy trình kiểm tra nhà cung cấp nên gồm:

• Tra cứu trạng thái mã số thuế khi ký hợp đồng và trước mỗi đợt thanh toán lớn; lưu ảnh chụp kết quả.
• Kiểm tra địa chỉ trụ sở: Điều 7 Thông tư 91/2026/TT-BTC coi trụ sở không có địa chỉ cụ thể hoặc đặt tại căn hộ chung cư là tiêu chí rủi ro cao khi đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử.
• Chỉ thanh toán chuyển khoản vào tài khoản đứng tên người bán; không dùng tiền mặt cho giao dịch từ 5 triệu đồng trở lên.
• Đưa vào hợp đồng điều khoản cam kết về hóa đơn hợp pháp và nghĩa vụ bồi thường nếu hóa đơn bị cơ quan thuế xác định không hợp pháp.
• Theo dõi thông tin người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký mà cơ quan thuế công khai theo Điều 4 Nghị định 252/2026/NĐ-CP.

Kaizen có thể giúp gì?

Đội ngũ Kaizen, với hơn 17 năm kinh nghiệm tại các hãng Big4, hỗ trợ doanh nghiệp khoanh vùng hóa đơn rủi ro, dựng hồ sơ chứng minh giao dịch và soạn văn bản giải trình với cơ quan thuế. Nếu bạn chưa chắc danh sách nhà cung cấp của mình an toàn đến đâu, hãy bắt đầu với buổi kiểm tra sức khỏe thuế miễn phí: chúng tôi rà soát mẫu hóa đơn đầu vào và chỉ ra những điểm cần xử lý trước khi cơ quan thuế hỏi đến.